Mit Hilfe eines klinischen Registers oder auch eines „Krankheitsregisters“ werden patientenbezogen medizinische Daten in einem vordefinierten medizinischen Bereich wie beispielsweise Brustkrebs gesammelt. Klinische Register können dabei auf einer gesetzlichen Grundlage basieren, wie beispielsweise Krebsregister basierend auf den jeweiligen Landeskrebsregistergesetzen, oder sie sind nicht gesetzlich geregelt. Nicht gesetzlich geregelte Register werden häufig von medizinischen Fachgremien oder von diesen gegründeten privatwirtschaftlichen Institutionen betreiben.
Klinische Register „leben“ von Patientendaten. Die Patientendaten werden in den versorgenden Einrichtungen jedoch zu Zwecken der Patientenversorgung erhoben, nicht um die Daten in einem Register zu speichern. Daher spricht man hier von einer „Sekundärnutzung“ der Daten; der primäre Zweck der Datenverarbeitung war ja die Patientenversorgung. Natürlich sind auch hier die Datenschutzrechtlichen Bestimmungen zu beachten, insbesondere wird zur Verarbeitung personenbezogener Daten, zu denen auch pseudonyme Daten gehören, immer ein Erlaubnistatbestand benötigt.
Um den Betreibern von klinischen Registern den Umgang mit dem Datenschutz zu vereinfachen wurde das Thema von den drei Verbänden
Deutsche Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemiologie e. V. Arbeitskreis „Datenschutz und IT-Sicherheit im Gesundheitswesen“
Gesellschaft für Datenschutz und Datensicherheit e. V. Arbeitskreis „Datenschutz und Datensicherheit im Gesundheits- und Sozialwesen“
ZTG Zentrum für Telematik und Telemedizin GmbH (ZTG)